OS10.4からOS10.5へアップロードしたiMac

初期化するのは、クリーン再インストールしたいからだと思いますが、インストールしたいのはどちら？

10.5 をインストールしたいなら、そのディスクユーティリティで初期化するべきでしょう。10.4 をインストールしたいのなら、そのディスクユーティリティを使うべきです。

OSXのバージョンによって、ディスクのフォーマットも微妙に違うかもしれないので、インストールしたいバージョンに同梱のディスクユーティリティを使うのが安全と思います。