内蔵HDDの第2パーティションが認識されなくなった

必要なデータをバックアップし、すべてのドライブを初期化するしかないのでは？

足掻くなら、ヤバそうなボリュームのディスク修復でしょうけど、それが確実とも思えないですし。

> 内蔵HDDが最初から ”論理ボリュームグループ” になっていました

Filevault をオンにしていてもなります。心当たりありますか？

でも、論理ボリュームになっていると、それをまず解除しないと、フォーマットとか出来ませんよ。

起動ドライブのパーティション操作中に強制再起動をしちゃったんだから、何が起こっても不思議じゃないと思う。

別ドライブから起動してもダメですか。

にしても、起動ドライブのパーティション操作するなら、慎重をきさないと。

最近は動的にパーティション操作するのが普通になってるようだけど、失敗のリスクは忘れないようにしたほうがいいですよ。

私はこの手のトラブルは嫌なんで、やりません。

> 出来れば初期化したい

OSXユーティリティで立ち上げて（起動時 command + r）、そのディスクユーティリティでもフォーマット出来ませんか？

論理ディスクになっていて出来ないなら、まずそれを削除しないと先に進めません。

そのときは、OSXユーティリティのターミナル（ユーティリティメニューから実行出来ます）で、

diskutil cs list

とすると、論理ボリュームがあればそのデータが表示されます（論理ボリュームがなければ何も表示されません）。論理ボリュームが表示されるなら、

diskutil cs delete UUID

で削除出来ます。UUID は上の list でLogical Volume Group と表示され、その後に16進32桁の数字です。

削除すれば、普通にフォーマット、OSX再インストール出来るようになります。

でも、fusion drive でもないし、filevault も使ってないのに論理ドライブって何だろう？

もしかして故障の可能性もあるのでApple Hardware Testも実行しておいてはいかがでしょうか。

> 第１パーティーションのUUIDを削除すれば通常のHDDになると考えてよろしいのでしょうか

何故あるのか分からないようなものなら削除してしまう方が良いです。

削除すれば、普通のHDDになります。

まさかピッキングのミスでFusion Driveモデルだったりして^^;

それなら、システム情報のシリアルATAのところでSSDが付いてるのが分かると思いますが。