ipodに同期したい曲が１曲だけミュージックライブラリに取り残されてipodになぜか入っていません。ひとつだけ同期する方法はありますか？

利用環境をもう少し詳しく正確に記載されるとアドバイスがあるかも？

例えば、

iTunes 11.0.4 for Mac と iPhone5

iTunes 11.0.4 for Win と iPod touch 5th gen.

などなど。

また、同期できない曲の入手方法やファイル形式教えて下さい。

例えば、

iTunes StoreからiTunes for Mac経由で購入した .m4aファイル

WMPでCDからインポートした .wmaファイル

とか

iPhoneのカテゴリでiPodの同期を尋ねて、使用環境がiPod touchでは？？ですよ。

ミュージックライブラリを見ると、同期できなかった1曲に？が表示されており

楽曲の実体ファイルが行方不明という事ですが。

また、最近操作していてipod内の曲のみが全曲消えてしまったのですが戻す方法も教えていただけませんか？

iTunesと同期し直せば良いだけでは。

モデルの見分け方は、こちらのサポート記事を参照して下さい。

iPod のモデルを区別する方法

http://support.apple.com/kb/HT1353?viewlocale=ja_JP