当方も全く同じ現象が起きていて今困っています。
こちらの環境としてはWindows 7 x64/iTunes 11.1.1で、大体18000枚程度の画像ファイルを複数のフォルダに
振り分けて同期している状況となりますが、ysi.cさんと同じくデバイス上に同名のフォルダが複数出来上がったり、
iTunesで同期対象に選らんでいない筈のフォルダ名のもので勝手にフォルダが作られていたり等、
滅茶苦茶な状態です。
現在の所、現象が起きているのがiPhone 5S/iOS 7.0.3のモノのみで、
その他のデバイス(iPhone 4/iPhone 4S/iPhone 5/iPod touch 5G/iPad 2/iPad mini いずれもiOS 7.0.3)
では、今の所現象が起きておりません。
発端としてはiOS 7.0.1の段階で現象が起きていたと認識しています。
これまでの対策として、
・[iPod Photo Cache]フォルダを削除の上での写真再同期。
・iPhoneのバックアップデータ復元の実施。
・iPhoneのバックアップデータ復元(予めiTunesの[写真の共有元]にチェックを外した状態のバックアップデータ)
の実施等を実施しましたが、いずれも解消しませんでした。
iPhone 5S単体で起こる状況の為、復元に使っているバックアップデータに原因があると考え、
「新しいiPhone」として再設定をし、試しに勝手に複数作成される特定のフォルダ1つを選択して
同期を掛けてみましたが、結果としてはフォルダが勝手作成される事はないものの、同期した画像ファイルの内容が
他のデバイスと見比べて少し異なる状態で同期される事を確認しました。
具体的には、勝手に作られたフォルダの中に勝手に複製される画像ファイルがアルバムの中に見当たらないという感じですが、しかし、モーメントの方を参照するとそのファイルが確認出来るので同期されていない訳ではないのですが、
サムネと実体が異なっていたりという内容になっています。
その「勝手に複製される画像ファイル」の特徴としてファイル名に「#」を含んでいるというのがあり、
噂に聞く「ファイル名に特定記号を含んでいると同期に問題~」にあたるかなというのがありますので、
近々リネームして[iPod Photo Cache]フォルダを削除して再同期というのをやろうかなと思っています。
(ファイル名に特定記号を含んでいる事が原因なら、他の端末でも起こる筈なので少々解せない所なんですが。。)
長文失礼致しました。