safari6.0に戻すには　どうすれば良いですか？

が、やはりJavaがクリアできませんでした。

JRE 7.0 Update40にダウングレード済みでしょうか？

＃「更新を自動的にチェック」にチェックが入っていると勝手にアップデートされるかもしれないので外しておいた方がいいです。

つまり10.8にアップグレードすればいいということなのでしょうか？

それってどうすれば良いのでしょうか？

下記から購入できます。

http://store.apple.com/jp/product/D6377J/A/os-x-mountain-lion

「更新を自動的にチェック」はどこで設定できるのでしょうか？

「システム環境設定」＞「Java」＞「更新」のタブのところで設定できます。そこでインストールされているJavaのバージョンも確認できます。

「更新を自動的にチェック」を外そうとすると　随分警告されるのですが外しても問題ないのでしょうか？

問題は大有りですよ。だって、セキュリティホールが放置されたままになるんですから。

＃Safariの古いバージョンを使うのも同様セキュリティに問題あり。

＃つまりは、古いバージョンでしか動作確認していない、動作を許さないe-Taxが一番大問題なんですけどね。

魅力的な解決策なのですが、通常業務に不具合が生じる可能性が拭えないと難色を示されています。

データファイルは全部コピーして　ソフトは入れ直すっていうことですよねえ…

上記のセキュリティの問題もあるので、通常業務に使用するシステムはいじらず、外付けHDD等にe-Tax専用のシステムを構築するのが無難かと思います。

それは、外付けのHDDに10.8をインストールして　そこから立上げる　ということでいいのでしょうか？

ええと　つまり切り替えて使う？？というイメージですか？

そういうことです。外付けHDDにシステムをインストールする方法は下記を参考にどうぞ。

外付けハードディスク (HDD) を起動ディスクとして使用する方法

そもそも、そんなにsafariにこだわらなくてFirefoxで申告したらどうでしょうか

Firefoxは公的個人認証サービスポータルサイトも税務署も推奨していませんが出来ます。

e-Taxには2つの方法があります。

e-Taxソフトweb版と確定申告書等作成コーナーを利用する。

私は「確定申告書等作成コーナー」を利用して、以下の環境で申告出来ました。

OS X Mavericks（10.9）

Firefox27.0

利用者クライアントソフトVer2.5(Ver2.3で失敗)を公的個人認証サービスポータルサイト からダウンロード

Smart Card ServicesでSmart Card Services Releases v2.0.1をTarget OS用をダウンロード

http://smartcardservices.macosforge.org/trac/wiki/installers

Java 1.7.0_51

環境設定からjavaのセキュリティのサイトリストの編集に「https://www.keisan.nta.go.jp/」と追加する。

勘違いにつき削除。すみません。

Javaのセキュリティのサイトリスト　の場所がわからないのです…

「システム環境設定」＞「Java」＞「セキュリティ」＞「例外サイト・リスト」に " https://www.keisan.nta.go.jp/ " を登録するということだと思います。

システム環境設定＞Java＞Javaコントロールパネル＞セキュリティ…の中には「例外サイト・リスト」というのがないのですが…

例外サイトが導入されたのは、Java 7 Update 51からなのでUpdate 40だと存在しないようです。

https://www.java.com/ja/download/faq/exception_sitelist.xml