ユーザーフォルダの中のファイルがおかしい

Macbook Air13 Mac osX 10.9.2

intel core i5

メモリ４GB　

ハードディスクの故障から、保証期間であったため上記マシンに交換の際、

TimeMachin からデータを移しましたが、それ以降、

ユーザーフォルダの中がおかしくなりました。

ユーザーフォルダを開くと、

Applications とApplications （オリジナル）というフォルダがあり、

Dropbox、Dropbox（オリジナル）

他にも、

dwhelper、incomplete、Paperboy、Shared、Sites

で同じ状態です。

Sitesフォルダだけは、

sites と サイト（オリジナル）

となっています。

Applications（オリジナル）普通に表示され、

開くことが出来ます。

Applications　薄く表示され開くことが出来ません。

他も同様ですが、Dropboxだけは少し様子が違います。

Dropboxは薄い方、オリジナルではないフォルダにチェック✓がついています。

ダブルクリックでは開くことが出来ないのですが

control＋クリックでDropbox.comが使えたので、

Dropboxの中身を見て比較したところ、

ユーザフォルダのなかの薄いDropbox.comには７８項目入っており、

ユーザーフォルダのなかのDropbox(オリジナル)はそのまま開くと

６８項目入っています。

（オリジナル）の方はDropbox.comが使えませんでした。

しかし、Docやメニューバーから開くDropboxには８７項目です。

Dropboxの項目数が違うので、他のMacからDropboxを開くと、

８９項目で、さらにiPheneのDropboxで見ると、３３件のファイル、

５４件のフォルダで８７項目とますますややこしいことになっていました。

Applications（オリジナル）は0項目

Applications（薄く表示）はクイックルックで見ると

「0KB 項目なし」でした。

Dropboxに入っているはずのファイルが見つからず、

探したところこのような現象に気付きました。

いったい何が起きているのか分かりませんが、

使うPCによってDropboxに表示されないファイルがあるのはちょっと困ります。

またフォルダが２種あるのもなんとなく目障りです。

よい解決策、何が起きているのかお分かりになる方がいらっしゃいましたら、

教えて頂けないでしょうか。