度々、失礼致します。
1)添付して頂いた画像は『エディター』のウィンドウを撮影したものでしょうか? TextEdit.appとは異なる様ですが、何か特別なエディタをお使いなのでしょうか? その場合、テキストファイルを開く際のエンコードの指定や表示するフォントの設定等は確認されていますでしょうか?
2)どのようなエディタを使った場合でも文字化けするのであれば、Macのフォント関連の機能がおかしくなっている可能性はありませんか? フォントブックで重複のチェックや標準フォントのリストアなどを試してみるとか、セーフブートなどのMacのメンテナンスを実行してみるとどうでしょう?
(このあたりのトラブルシューティングについては、私はよく理解していないので、サポートコミュニティの皆様から、アドヴァイスを頂ければ幸いです)
3)インターネットを検索するとFileMaker用のプラグインで、Mail.appのメッセージを読み込むものが幾つかある様です。有料ですが、そのようなプラグインの使用は避けたいとの判断でしょうか?
4)複数のメールメッセージからコンテンツなどの情報を取り出し、テキストファイル化する処理はAppleScriptを使えば大半の処理は可能です。 AppleScriptを試されたことがありますか?