失礼致します。
私の環境は、OS X Mavericks(10.9.5)ですが、ファイルサイズ 2.4MB の元画像を書き出して見ると、
下記の様になりました。
【「ファイル」メニュー >「PDF として書き出す」】
・ファイルサイズ : 2.4MB
・PDF バージョン : 1.3
・ページサイズ : 21 x 29.7 cm
【「ファイル」メニュー >「プリント」>「PDF」ボタン >「PDF として保存」】
・ファイルサイズ : 2.4MB
・PDF バージョン : 1.3
・ページサイズ : 21 x 29.7 cm
【「ファイル」メニュー >「書き出し」>「PDF」】
・ファイルサイズ : 12.1MB(約 5 倍)
・PDF バージョン : 1.4
・ページサイズ : 101.6 x 63.5 cm(10 倍以上)

「PDF として書き出す」や「PDF として保存」の場合は、元画像のファイルサイズをそのまま維持しており、
ページサイズもプリント設定のデフォルト(A4 サイズ)で、PDF 1.3 で書き出されるのに対して、「書き出し」
>「PDF」の方は、全くそう言った縛りが無い感じですね。
しかも、同じ「Mac OS X 10.9.5 Quartz PDFContext」で PDF を生成しているのに、「書き出し」>「PDF」
の方は、PDF 1.4 で書き出されているんですね。