iTunes Matchを使用しながらiTunesに２時間以上の曲を追加したい

仰っている通り、iTunesMatchは２時間以上の曲をアップロードできません。

また、iTunes Matchの利用中は通常の同期は行えなくなるため、既存の同期も行うことができなくなります。

>２時間以上の曲をiTunes Matcの対象から外すにはどうすれば良いのでしょうか？

現状はライブラリ内にある曲すべてがiTunes Matchのアップロード対象となるため、対象から外すためにはiTunesライブラリから曲を削除する必要があります。

2時間以上の曲を編集で分割してiTunes Matchにアップロードできるようにするのは如何でしょう。