1TBの内蔵HDDと3TBの外付けHDDの場合の使用方法

内蔵の容量がオーバーしそうなタイミングで使用頻度の低いデータを外付けだけに保存しようと思っていますが、やり方を教えていただきたいです。

　基本的なTimeMachineの使い方を間違えています。

TimeMachineは内蔵HDDのスナップを撮るものだと考えてください。内蔵HDDに存在しないファイルはTImeMachineからも削除される可能性があります。

ですのでお書きのことに近い事をやる為には外付けHDDが二台必要になります。一台はデータ収納用、もう一つがTimeMachine用です。

内蔵HDDには入れておきたくないが保存しておきたいファイルがデータ格納用外付けHDDに保存します。そして内蔵HDDと外付けHDDをTimeMachineでTimeMachine用HDDにバックアップをとります。

　不可能ではないですが、バックアップの立場からすると全くの無意味です。

パーティションを分けたHDDの片方がトラブルを起こし片方は健全である事はまれで、HDDがハードウェア上のトラブルを抱えた場合はすべて駄目になってしまうことのほうが圧倒的に多いでしょう。

ファイル本体とバックアップを同一HDDの別パーティションに収めていた場合、それらを同時に無くしてしまうリスクが非常に高いため、バックアップをとっていない事とほぼ同意義になります。

　ですのでバックアップ先のHDDはバックアップ専用にするべきです。兼用するのであれば、消えてしまっても問題の無いファイルの一時置き場ぐらいでしょうか。

　最低でも別ドライブの二カ所以上に同一ファイルが存在するように努めておくと、いざという時、復元出来る可能性がかなり上がります。

家族の写真や動画など無くなってしまってからでは取り返しのつかないファイルは、内蔵HDD、TimeMachine、 その他もう一つのバックアップ（手動によるコピーであったり、TimeMachine以外のバックアプリであったり、ディスクイメージで丸ごとふくせいしたりとか）と三カ所に保存しておくのがいいと思います。

やすどん さんの書込みに異論は無いですが、それとは別の系列として、

やすどん さんによる書き込み:

家族の写真や動画など無くなってしまってからでは取り返しのつかないファイルは、内蔵HDD、TimeMachine、 その他もう一つのバックアップ（手動によるコピーであったり、TimeMachine以外のバックアプリであったり、ディスクイメージで丸ごとふくせいしたりとか）と三カ所に保存しておくのがいいと思います。

データを無くしたくないなら、写真系については銀塩系で焼き付けておくのも選択肢です。かなり丈夫です。