iCloud.comの初期化

失礼致します。　iCloud.comにはSafariのお気に入り情報（ブックマークか？）は保存されていないと思いますが、どこかでご覧になった情報でしょうか？　SafariのブックマークのiCloudを介した同期に不具合があるという状況でしょうか？　その不具合についてもう少し具体的に書いていただければ、読む側も問題を理解しやすいと思います。　

一応、リセットの手順として、こちらのディスカッションで紹介さているものとしては、

ブックマークが消さない、同期も出来なくて困っています | Apple サポートコミュニティ

1）システム環境設定＞iCloud＞Safariの項目にあるチェックを外して、

2）MacのSafariのブックマークを書き出してバックアップしておく、

3）MacのSafariを終了し、ブックマークファイル ($HOME/Library/Safari/Bookmarks.plist) を削除

　ブックマークファイルの場所がわからない場合は、Finder.appの、『移動』メニューから、『フォルダに移動…』を選択して、

~/Library/Safari

　と入力してみてください。

4）システム環境設定＞iCloud＞Safariの項目にあるチェックを入れて、MacのSafariを起動する。

とどうでしょうか？

すみません、ご質問のの意味を逆に理解していました。

aiueo による書き込み:

これは、iCloud上にSafariのブックマーク情報が保存されていて、5)の操作で同期されたということではないのでしょうか？

これはその通りだと思います。　通常はSafari側でブックマークを削除すると、iCloud上に保存されているブックマークの情報も同期されて削除されますので、システム環境設定＞iCloudで、Safariの項目をオンにした状態で、ブックマークの削除を行います。　この操作がiCloud側に保存されないという状況でしょうか？　その場合、それはどのようにして確認されましたでしょうか？