Early 2015のMacbook Proのため,Finderのバージョンは購入時期のためか,機種依存の問題かははっきりしません…
「システム情報」>「ソフトウェア」>「システムのバージョン」で確認すると、同じ OS X Yosemite 10.10.2 でも、
Mac App Store でアップデートしたものは、OS X Yosemite 10.10.2(14C1514)で、churomi さんの MacBook Pro
(Retina, 13-inch, Early 2015)にプリインストールされている OS X Yosemite 10.10.2(14C2513)の方が新しいので、
その違いにより「Finder」のバージョンにも違いが有るのかも知れませんね。

「Finder」の「環境設定」で「スプリングフォルダとスプリングウインドウ」の項目が無い事もそうですが、それ以前に
「Finder」の「環境設定」ウインドウに、「Finder 環境設定」の表示が無い事自体おかしいですね。
これが churomi さんの環境に因る物なのか「Finder(10.10.3)」自体の不具合に因る物なのかは分かりませんが、「Finder
(10.10.3)」自体の不具合だとすると、プリインストールのバージョンですので、アップデートで改善されるのを待つしか
無いですね。

今まで使っていたMacBook Air (13-inch, Mid 2011) v10.10.2では,フォルダにファイルをドラッグした際,フォルダにファイルは移動しますが,そのフォルダの中に移動するという現象は起きません.(Finder v10.10.2)
おそらく、MacBook Air(13-inch, Mid 2011)の「Finder(10.10.2)」>「環境設定」>「スプリングフォルダと
スプリングウインドウ」の項目がオフになっているか、「反応時間」が適切に設定されているからだと思います。
MacBook Pro(Retina, 13-inch, Early 2015)の「Finder(10.10.3)」の場合、「スプリングフォルダとスプリング
ウインドウ」の項目自体が表示されていない為、設定をオフにする事も「反応時間」を調整する事も出来ませんが、
試しに,フォルダの表示をリスト形式からアイコン表示にしたところ,この問題は解消され,Finderのパスは変わらずファイルだけ移動しました.
との事ですので、「リスト表示」でも「アイコン表示」と同等のスピード、つまり「スプリングフォルダとスプリング
ウインドウ」の機能が反応する前にドロップ(離す)してやればファイルだけを移動出来ると思います。
(フォルダに重ねた瞬間にドロップ(離す)する感じです)
出来ない場合は、一応、churomi さんの環境に因る場合も考えて、下記リンクを参考にしてメンテナンスを行って見て下さい。
(セーフブート、PRAM クリア、SMC リセット、アクセス権を修復、ディスクを検証は必須です)
トラブルシューティング for Mac (ソフトウェア編)