OS X 10.11 El Capitanのメールアプリに発生している不具合

私の環境（ MacBook pro 15 Retina Mid 2012 / OS X El Capitan ）では、メインメールが POP 、サブメールが IMAP ですが、どちらも問題なく受信できています。メインメール（ POP ）の方は http://applech2.com/archives/46464135.html に書かれているように、＜詳細＞タブの＜アカウント設定を自動的に検出して管理＞項のチェックが外れています。

heteml メールをご利用になっているのであれば、POP でも IMAP でも受信できるのでは？

POP メールが受信できなかった時のエラー表示を書いていただくか、ハードコピー（プリントスクリーン）を貼っていただけると、問題解決のお手伝いができるかと思います。

ユーティリティにあるキーチェーン.appの関連するエントリを削除してみるとどうですかね。

貼り付けていただいた画像を見る限り、Ypsilon を除いて POP も IMAP もちゃんと受信できていますね。更に SMTP 送信は３アカウント全てできていますね。画像からは Ypsilon の受信だけが「ユーザー名」と「パスワード」が違うために接続できないと判断できます。Ypsilon の受信設定を見直してみては如何でしょうか？

追伸＞

見直す箇所としては「ユーザー名」「パスワード」「 TSL 証明書の有無」「ポート番号」「 SSL の使用の有無」「認証の種類」でしょうか。

設定内容をスクリーンショットでhetemlサポートに送って見て頂いたのですが、、、設定に問題は無いそうです、、、

＜アカウント情報＞＜メールボックスの特性＞＜詳細＞の各タブの設定に問題無いということですか ... お手上げですね。ただ、他のメールアカウントの POP 受信ができているわけですから、OS 側のバグとは言えない訳で ... あくまで勘ですが、heteml さんのメールアカウントを新規で設定し直してみるとどうでしょうか？これを行う前にメールボックスのバックアップをお忘れ無く！

もしやと思い書き込ませていただきます。

heteml では SSL 通信で POP 受信する場合、ポート番号を「 995 」に設定するように指示されていますね。

私の場合はOCNのPOPメールで受信のみできない状況でした。

10/23にOS10.1.1アップデートでも改善しなかったため、OCNのサポートデスクに問い合わせました。

アカウント情報の受信用メールサーバーをpop.ocn.ne.jpに変更。

詳細タブアカウント情報を自動的に検出して管理のチェック外す。ポート995、SSLを使用、認証パスワード

の組み合わせで受信可能になりました。

受信用メールサーバーはプロバイダごとに異なるのでしょうが、１度プロバイダのサポートに問い合わせをすることをお勧めします。