自己レスです。
El Capitan のディスクユーティリティでは、CD-ROM/CD-R の ISO イメージは作れなくなっていますが、コマンドラインなら起動 CD-ROM でも ISO イメージが作成できたので、メモしておきます。
少なくとも、Mavericks のディスクユーティリティではできていたので、El Capitan での仕様変更なのかバグなのかは不明です。
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mount で、CD/DVD ドライブのデバイスをみつけます。
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$ mount
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/dev/disk2s0 on /Volumes/CDROM (cd9660, local, nodev, nosuid, read-only, noowners)
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hdiutil で ISO イメージを作成します。
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$ hdiutil convert /dev/disk2s0 -format UDTO -o Windows2000
CDROM (Apple_ISO:0) を読み込み中...
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経過時間: 7m 0.676s
速度:1.0M バイト/秒
節約率:0.0%
created: /・・・/Windows2000.cdr