復旧ディスクから立ち上げた場合でも、メニューバーのユーティリティをクリックすると、ターミナルのメニューがありますので、これを実行すれば、ターミナルの画面になります。
まず、
diskutil list
とすれば、現在のディスクの状態がわかると思います。fusion driveは論理ドライブなので、
diskutil cs list
とすると、fusion driveの状態がわかります。
osx のターミナルなら、man diskutil としますと、diskutilコマンドについての詳しい説明が出てきます(残念ながら、復旧ディスクのターミナルの場合には、スペースの節約のためか、man での説明は出てきません。なので、もし他のマックがあればそちらで説明を読みながら利用できます)。
今自分のはyosemiteですが(command レベルだと、多分、el capitan でも同じ)、これによると、
diskutil cs unlockVolume lvUUID -stdinpassphrase
とすると、アンロックできると出てますので、試してみる価値あるかも。lvUUIDはfusion drive 上のボリュームのUUID(32桁の16進数で、ディスクボリュームに割り振られている)で、diskutil cs list の表示からわかります。このコマンド、うまく実行できれば、ターミナルの画面にプロンプトが出ますので、そこで管理者パスワードを入力し、最後にenter キーを押します。