iMac (20-inch, Early 2008)
Mac OS X 10.10.5
ハードディスクの第一階層に、普通ならアプリケーション、システム、ユー
ザ、ライブラリなどのフォルダのみ表示されているはずですが、何故か
bin、private、usr、Volumesなどのフォルダが表示されています。これら
は、通常不可視になっていますよね？！これらを再度非表示にしたいので
すが、どのようにすれば良いでしょうか？！
では、宜しくお願いします。
iMac, OS X Yosemite (10.10.5)
失礼致します。
不可視ファイルを表示させたまま、デフォルト（非表示）に戻していないのではないでしょうか？
「F4（Launchpad）」キー ＞「その他」＞「ターミナル」を起動して、下記のパスをコピー＆ペーストで入力し、
「return」キーを押して見て下さい。
defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles false; killall Finder
返信ありがとうございます！！
早速やってみましたが、消えないですね。不可視ファイルが見えてる訳ではなく、これらのファイルだけが表示されている感じなんです。
セーフモードでの起動やアクセス権の修復などを行った上で「command + R」で復元（上書きインストール）してください（ユーザフォルダのデータは消えませんが念のためにバックアップしてください）。
Mac の起動を完了できない場合にセーフモードを試す - Apple サポート
ビジネスで使用しているものですので、タイミングがあえばやってみます。
ありがとうございます！！
本来は非表示フラグが立っているのに表示されるのであればHDDが怪しいのではないかと思います。
ターミナルで ”ls -lO /” と入力してみてください。
第一階層で表示されるフォルダは"-"となりますが非表示のフォルダは"hidden"となるので、これが"hidden"となっているにも関わらず表示されているのなら、私ならHDDを疑います。
2008年のモデルとのことなので、もしかしたらHDDの交換はしていないのかな？と思いました。
onesize さんによる書き込み:
第一階層で表示されるフォルダは"-"となりますが非表示のフォルダは"hidden"となるので、これが"hidden"となっているにも関わらず表示されているのなら、私ならHDDを疑います。
全否定はしませんが、いままで何度も非表示のフォルダがアップデートやアップグレードで表示されるようになった事があります。個人的には非表示フラグがアップデートで設定ミスされているだけではないかと想像いたします。
症状は微妙に違いますが私も過去に何度も遭遇しておりますが、そのさいにストレージの交換はしておりません。
すでに指摘されている通り不可視属性のフォルダが可視属性になってしまう原因は様々なようです（OS のアップデート、Time Machine からの復元、移行アシスタントの使用など）。
それと補足ですが「『command + R』で復元（上書きインストール）してください」はあくまでも「OS X の上書きインストール」（OS X をインストールまたは再インストールする）のことです。というのも既出のリンク先に「Time Machine のバックアップから Mac を復元する」があるからなのですが、これを実行すると元の木阿弥になるかもしれません。
bin、private、usr、Volumesなどのフォルダが表示されています。
可視属性になってしまったフォルダが複数あるのなら chflags コマンドを使うより OS X を上書きインストールする方が無難だと思います（どのみちバックアップは必須ですが）。
返信が大変遅くなり申し訳ございません。
上書きインストールした結果、無事に不可視ファイルは見えなくなりました。
本当にありがとうございます！！
返信ありがとうございます！！また、返信遅くなりました。
HDDはかなり古かったので、新しいモノと交換済です。
不可視フォルダが表示されます
