このiPhone上にないアプリ

「このiPhone上にないアプリ」の欄と「iCloudで復元」は何の関係もありません。復元してもアプリが消えることはありません。

「このiPhone上にないアプリ」の欄からアプリを削除する（非表示にする）にはパソコンのiTunesを使います。

iTunesでApp Storeの「購入済み」を開き、アプリアイコンの左上に表示されるバツ印をクリックすることでiTunesには表示されなくなり、併せてiPhoneの「このiPhone上にないアプリ」の欄にも表示されなくなります。