追記:本件が解決したので、解決までの経緯を書かせてもらいます。
サポートコミュニティに相談後、Appleのチャットサポートで指示を仰ぎました。
①そしたらまずはiPhone SE、iPhone 5sのどちらもiCloudのバックアップをオフにした状態で、バックアップの削除を試みるように言われました。
→ 削除できず
②次に、iPhone 5sを一旦iCloudからサインアウトし、再起動、そしてサインアウトし直してからバックアップの削除を試みるよう言われました。
→ 削除できず
③チャット担当者が、Appleのスペシャリストに確認するとのことで、しばし待機。スペシャリストに確認した結果、私のiCloudサーバー、アカウント自体に問題はないとのこと。スペシャリストの指示で、5sのiOSを確認せよとのことで、確認した結果 iOS 9.3 (当時の最新iOSは9.3.1)でした。そのため最新の9.3.1にアップデートしてくださいとのこと。SEの方もiOSを確認すると5s同様に9.3だったので、こちらも9.3.1にアップデートしてくださいとのことでアップデートしました。アップデートに時間がかかるので、ここでチャットは終了。その後、5s、SEの両方から古いバックアップを試みるも、、
→ 削除できず
④これでも解決しないので、Appleサポートのスペシャリストとの電話予約を予約。一週間後の週末に電話を予約しました。そして電話でまずは通常のバックアップ削除操作を指示され、設定→一般→ストレージとiCloudの使用状況→ICLOUD→ストレージの管理→バックアップ→バックアップの削除と進め、内心これじゃできないんだよ、、、と思いつつ操作したら、なんとあっさり削除できてしまいました。
→ 削除できた
タイムラグの問題だったのでしょうか、、、とりあえず、やることやって、時間をおいて再トライしてみると、バックアップの削除できるかもしれません。
以上