(正常に表示できるようになれば、そこで止めて OK です。)
Finder の環境設定 -> サイドバーで、「アプリケーション」のチェックを一旦外して、再度有効にするとどうでしょう?
Finder で、「コンピュータ」(自分で付けた名前が付いているかと思います)や「Macintosh HD」から「アプリケーション」フォルダにアクセスするとどうですか?
正常に表示できますか?
「コンピュータ」や「Macintosh HD」がサイドバーにないなら、Finder のメインメニューの「移動」メニューから「コンピュータ」で表示できます。(そこから、Macintosh HD -> アプリケーション を選択。)
一応確認ですが、Finder の表示方法は、アイコン表示、リスト表示、カラム表示、CoverFlow表示 のどれですか?
他の表示方法に変えるとどうでしょう?
あと、ターミナル.app で、
ls -la /Applications/
とすると、どうでしょうか?
正常に表示されますか?
また、最初の数行はどんな感じでしょうか?
私のところでは
>>>>> ls -la /Applications/ ( ">>>>>" 以降は入力したコマンド)
total 32
drwxrwxr-x+ 61 root admin 2142 6 20 10:05 .
drwxr-xr-x 21 root wheel 1156 5 20 08:17 ..
-rw-rw-r-- 1 root admin 14340 6 24 15:41 .DS_Store
-rw-r--r-- 1 root wheel 0 9 10 2014 .localized
drwxr-xr-x+ 3 root wheel 102 7 12 2014 App Store.app
(以下省略)
のような感じです。
(ピリオドで始まるファイル名の行に興味があります。「.localized」があるかどうかとか。)
(また、そもそも「Applications」という名前のフォルダがあるかどうかとか。)
なお、「アプリケーション」フォルダは、実際には「Applications」という英語の名前のフォルダで、特別な方法で日本語の「アプリケーション」になっています。
「Mac OS X フォルダ名 ローカライズ」などで Google などで検索するといろいろ出てくるかと思います。
ちなみに、最近、「アプリケーション」フォルダやその周辺をいじったとか、何か変更した心当たりはありますか?