>寝る前に充電するとどうしても過充電になってしまので
いいえ、過充電にはなりません。どのような機械であれ、Li電池は必ず充電制御しています(100%になったら充電停止します)。そうでないと発火します。
Li電池の劣化要因は様々ですが、大きなものに高温での充電というのがあります。iPhoneなど消費電力の大きな機器をガンガン使用しながら充電をすると、大きな発熱を伴いつつ充電することになり、バッテリの劣化を促進します。
しかし、Apple Watchはそもそも消費電力が少なく、しかも急速充電機能もないので、充電時の発熱は殆どありません。したがって、Apple Watchを寝るとき充電していたからといって、顕著にバッテリに大きなダメージが及ぶということはありません。
また、もう一つの劣化要因は完全放電です。バッテリが0%に達して停止してしまった状態で長時間放置すると、致命的なダメージを生じる可能性が高くなります。バッテリが無くなったら速やかに充電するほうがバッテリには優しいです。また、Li電池は使い切ってから充電という必要はありませんので、寝るとき充電というのは妥当な使い方です。
なお、バッテリはそもそも消耗品であり、使用する以上は一定の劣化を生じるものです。Apple Watchの負荷を考えると平均的には3年程度がバッテリ寿命の目安ではないかと思います。