文字色の変更はおそらくできないと思います。
私の環境は Snow Leopard と古いのですが、やはり見づらいのでデスクトップピクチャを画像編集ソフトで加工してます。(下図のようにアイコンを置く場所だけ暗くしてます)

Sierra がリリースされた今となっては El Capitan での改善は期待できませんが、もし、Sierra でも同様なら Apple にフィードバックしてみると良いかもしれません。
フィードバック - Apple(日本)
http://www.apple.com/jp/feedback/