失礼します。興味を持ったので少し確認してみました。
残念ながら回避するための設定は見つかりませんでしたが、確認できたことを記しておきます。
同様の現象は他にもメールやメモでも同様の表示を確認できました。
ただし、こちらでは「丸付き文字」として合成表示されるのは一覧表示でのみで、本文では以前と同様に別個の文字として表示されます。また、その文字列を選択した状態で表示されるポップアップメニューの「調べる」でも合成表示されています。
とはいっても、合成されるのは前の文字が半角の数字と英大文字のみに限られるようですし、同様の現象はmacOS Sierraでも見られます。(El Capitanでは確認できず)
どうやら動作からすると、特定の条件でのみ白丸を合成用の文字として扱うように表示ルールが変更されているようです。(変換されているわけではなく表示で合成されているだけ)
なので、現状考えられる回避策としては やすどんさんや木藤さんの書かれたように
- ◯:大きな丸を使用。(OS X標準の日本語入力だと、「まる」の変換時に「記号」を選び表示された名前で区別すると間違えない)
- 〇:漢数字の0を使用("0"や"ゼロ"の変換候補として出てくる)
- その文字(○:白丸)の前では半角ではなく全角を使用。
といったところでしょうか。
なお、Wikipediaによると「大きな丸」は以前のJIS規格は合成用として定義されたものが通常の文字になったらしいです。古いシステムに準拠したシステムだとこちらの字で問題が発生する可能性もありますね。
ちなみに、Unicodeでは本来の合成用には別の文字(U+20DD)が定義されていて、OS X/macOSでは入力メニューの「絵文字と記号を表示」からUnicodeを選ぶことで入力可能です。
以上、ご参考まで。