iPhone上で「待機中」になる半透明のアプリをそのまま削除した場合、中のユーザーデータも正常に削除されるのか？

iPhoneをOS10にするため、iTunes上でOSアップデート後バックアップし、その後一旦出荷状態に復元し、最後にバックアップから復元しました。

OSのアップデートは成功したようですが、「Appを自動でインストール」という設定がiTunes上でなされていたために、アップデート前にはインストールされていなかったアプリが、一気にインストールされてしまいました。

iPhoneのストレージ容量を遥かに超える量がインストールされる見込みだったらしく、「100以上のアプリがインストールされませんでした」というダイアログがiTunesから出され、現在……、

• 100以上のアプリのアイコンが半透明表示になっており、起動するためにタップするとアプリ名が一律に「待機中」へと変化し起動不可
• 半透明のアイコン長押しからアイコン左上の×マークをタップすると、アイコンは削除され、どうやらアプリが正常に削除される模様(自分で調べたところ、類似したケースでは、長押しからの削除が不可のものばかりだった)
• iTunesに接続して同期することでは状況に変化なし(iPhone上でストレージ容量を確認すると約6GBの空き容量)
• 全般的に動作にもたつきを感じるようになった

さてここからが質問です。

ここから半透明のアプリを削除して正常な状態に戻すことを検討しておりますが、この中にこれまで利用していたアプリがある場合、半透明の状態のまま削除したら、アプリ内に保存されているユーザーデータもきちんと削除されるものでしょうか？

もともと空き容量に余裕がないため、極力無駄なデータを残したくないと考えております。

iPhone 5Sで、iTunesはiMacのOS10.12を利用しております。

長文になってしまい恐縮ですが、よろしくお願いします。