修理の差額についてはいつ頃払い戻されるものなのですか？

交換品を受けっとって、同時に宅配便のドライバーに故障品を渡す交換修理ですよね？

ni_kiさんがおっしゃる通り、Appleに確認された方が確実ではありますが、 その場合、故障品がAppleに届いて故障が申告通りか確認された時点（事務処理を勘案するとプラス１営業日かな）のはずです。

故障内容を偽って修理依頼された場合や、交換品を受け取って故障品を戻さない場合を想定して、最大の修理費用が課金されいます。故障品を確認して料金確定、返金処理の流れですね。

Appleの修理サービスで事前に引き落としがかかるサービスは聞いた事がありません。

エクスプレス交換サービスの保険として抑えられる枠を引き落としと勘違いしていませんか？

此方はカードの利用限度額の枠を確保するだけなので銀行口座からの引き落としはかかっていません。

問題なく交換していれば最終的に引き落としがかかるのは修理代金のみです。

確保された枠は後日解除されるはずです。

クレジットカード使用時の通知メールを受け取る設定にしていると使用した事としてメールが来ますが実際の引き落としは修理金額のみです。

エクスプレス交換サービスではなく通常の配送修理の場合は、枠すら確保されていないので修理金額しかかかっていません。

どちらの場合でもカードの利用履歴と口座の引き落とし金額で確かめればわかると思います。

実際に過度な修理料金がかかっている場合はAppleサポートに電話を早急にする事をおすすめします

金の絡む話Apple に直接聞いた方が良いかとおもいます。