バックアップ中に検出されるトロイの木馬について

誤検出か何かの添付ファイトして存在するとかではないでしょうか。iPhone のバックアップから勝手に消されると破損扱いで復元できない可能性があります。暗号化して削除を回避してはいかがでしょうか。お書きのウイルスをネットで検索するとWindows のExcel とかでないと動かないそうです。

誤検出であると判断できなければ、暗号化してもiPhone内にウィルスが存在し続けることになるのではないでしょうか？　iPhone内にMS-Offceのファイル（ExcelなどVBAを使うマクロを保存しているもの）を保存しているのであれば全て消去するか、Windows-PCにファイルを移して、脅威をスキャンすることで特定したファイルを削除した方が良いと思います。