失礼致します。
数式が含まれる表セル内の一致するテキストは置き換え出来ません(仕様です)が、そう言う事ではないのですよね?
私の環境も macOS Sierra(10.12.5)の「Pages(6.1.1)」ですが、「検索と置換」の機能は全く問題無く機能しますので、少なくとも「Pages(6.1.1)」自体の不具合ではなく、KishiSatoshi89732 さんの環境による物かと思います。
(下の画像は、「検索と置換」ダイアログの「すべて置き換え」で、“Pages 6.1.1” を “「Pages(6.1.1)」” に置き換えた物です)



「セーフモード」で起動した状態でログインし、同様の不具合が発生するか確認して見て下さい。
(「セーフモード」で起動すると表示や動作が極めて緩慢になりますが、不具合ではありません。 確認後に MacBook Pro を再起動させて下さい)
セーフモードを使って Mac の問題を切り分ける - Apple サポート
「セーフモード」で起動した状態でログインしても同様の不具合が発生する場合は、別のユーザアカウント(無い場合は、新規ユーザユーザアカウントを作成)でログインし、同様の不具合が発生するか確認して見て下さい。
Mac で別のユーザアカウントを使って問題を検証する方法 - Apple サポート