メールでフラグを付けてものが反映されない

iMac 21.5-inch Late 2015, mac OS Sierra 10.12.6を使っています。

メール（10.3）を使用していますが、数ヶ月前からフラグを付けたメールがフラグ付きフォルダに入らなくなりました。正確に言うと、フラグ付きフォルダの中が空になってしまいました。新たにフラグを立てると、一時的にフラグ付きフォルダができますが、その中を見ても何も入っていません。

そして、メールを一旦終了して再度立ち上げたりすると、そもそもフラグ付きフォルダがありません。

もう一点の不具合は、メールで検索が全くできなくなってしまいました。

今、iPhoneを持っていて、そちらではフラグ付きフォルダが正常に見られるし、検索もできるので、なんとかなっていますが、不便です。

この件についてAppleに問い合わせ、PRAMクリア、別のアカウントを作ってそこで新たにメールの設定をして開いたり、OS自体の再ダウンロードを試みたりしましたが、ダメです。

なんとかうまい解決策か、アドバイスをいただけると幸いです。よろしくお願いいたします。