PDFファイルの復元

失礼致します。

iBooks.appでiCloudへアップロードしたPDFファイルがブックのコレクションの一覧に表示されないということですよね。　その場合、コレクションの選択画面の最下にある、iCloud Booksを隠すがオンになっていませんか？　あるいは、ブックのライブラリの画面を下側にドラッグすると検索フィールドが表示されるので、そこでPDFファイルの名前を入れてみるとどうでしょう？　または、iPhoneの設定＞ユーザー名＞iCloudと進んで、iBooksの項目を一旦、オフにして、再度、オンにしてみるとどうでしょうか？

一度、iCloudへアップロードしたPDFファイルは、iCloud Drive.appからはアクセスできない仕組みになっています（現状では）。

　iCloud Driveを開いて、該当PDFを長押してメニューから共有…を選択し、iBooksに読み込むをタップでiBooksアプリに取り込まれませんか。