MacBook Proのログイン画面がおかしい

おかしいところですが、起動音がならないのは2016年のモデルならそうなってますので、これはおかしいわけじゃありません。後の点は確かにおかしいといえばおかしいですが、ウィルスと断定できるほどでもないと思います。起動時、一瞬でアカウント選択画面になるのも、最近のはキャッシュなどを駆使してそうなるようにしてますので、必ずしもおかしいとは限りません。このキャッシュがおかしくてログイン画面が黒い人になってるのかもしれません。

まず、起動時シフトキーを押してセーフブートにしてディスクの修復をしてみるのはどうでしょう（セーフブートだと起動時、必ずディスクの修復をしてくれます）？ディスクの修復を確実にやるには、起動時、command + r として復旧ディスクで立ち上げ、そのディスクユーティリティで起動ボリュームに対してFirst Aidをかけてみるのが良いと思います。

まず、このような基本的なメンテナンスをしてみるのが良いと思います。

とりあえずバックアップを確保してください。その後、SMC のリセットをしてください。起動音がならない時に効果があります。さらに一旦FileVault を解除してみてください。解除後、Safe Boot してみてください。ここまでで「動作が遅い」以外はおさまるか確認してください。