起動するたびにアプリが勝手に立ち上がり、以前のウィンドウが開いていく

iMac (27-inch, Mid 2011)に10.6と10.11をパーテーションを切ってインストールしていますが、

ある時から、10.11のOSを立ち上げるとその時に使用していたウィンドウの状態で立ち上がるようになってしまいました。

ログイン項目は全部無くし、ディスクのアクセス権の検証、修復、セーブブート、PRAMリセット、シングルユーザーモードなどは試しましたが、ほとんど変わりません。

ちなみに立ち上がるアプリは、

Font book

P-touchエディターというラベルプリンターのアプリ

Safari これは、以前に調べていた、タグがばーっと並んだ状態で、2つのウィンドウ

さらに、なんだか、環境設定を変えてもリセットされてしまうようです。

webサイトデータを管理の中のキャッシュなどは、削除しても復帰します。

それからエバーノートが立ち上がっていましたが、何度もやっているうちに立ち上がらなくなったようです。

以前は、特に問題なく使えていたのですが、一ヶ月前くらいに使用していた状態で起動するたびに戻ります。

もちろん、環境設定のアプリケーションを終了するときにウィンドウを閉じるのチェックを入れ、

終了するときに、起動時にウィンドウを開くというチェックは消して起動してもです。

環境設定のチェックは都度外れてしまうようですが。

もうOSを再インストールするしかないのでしょうか。