iCloudでバックアップした時にiPhoneの使用データ量とiCloudにバックアップされたデータ量の差が大きく、ちゃんとバックアップされたのか心配です。

iCloudにはiPhone内のすべてがバックアップされるわけではありません。

iOS デバイスのバックアップについて - Apple サポート

にiCloudでバックアップされる内容が記事になってます。例えば、iTunes Storeからダウンロードした曲やApple Musicはバックアップされません。また、iCloud Photo Libraryもバックアップされません。これらは別に保存されてるからです。これらはバックアップに含まれないというだけで、別に保存されてますので、復元とかの時には元に戻ります。そういう意味では、ユーザから見ればバックアップされてることになります。

ということで、iCloudのバックアップは容量が少ないのでは？

繰り返して同じになるのなら、問題ないと思うけど。

容量の違いとして、

１　アプリ自体はバックアップされない。

２　確保しているだけで使用していない領域がある。

３　バックアップの対象になっていないデータがある。

４　圧縮している（かも）。

程度はありそうだね。