High Sierraにアップデートした後、Mailの環境設定が自動的に初期設定に戻ってしまう事象はUSのサポートコミュニティでも複数スレッドが立っていて、あるスレッドは「私も同じ質問です」が現在78人になっていますので結構頻発している模様です。
かく言う私もその一人で、環境設定の内、新着メールの確認頻度、添付ファイルの保存先、クラシックレイアウトの使用、未開封メッセージのボールド表示、作成メッセージの標準テキスト使用、等が突然初期設定に戻ってしまいます。
特にクラシックレイアウトが見ている最中に突然横並びの3ペインに切り替わるとすぐに判るので、これでこの事象に気づく人が多いようです。
MailのPreferenceファイルの削除など一通り考えつく処置は試しましたが問題は解決しませんでした。USの方でも皆いろいろ試してみて結局今後のアップデートで解決されるのを待とうという雰囲気になっています。
なお、当初は設定がデフォルトに戻る度にいちいち設定をやり直していましたが、その代わりにMailアプリを一旦終了して立ち上げ直すと元の(=カスタマイズした)設定に戻ることにある時気づいたので、今はそうやって凌いでいます。ただ、USのフォーラムで報告したら一部の設定しか戻らないという人もいましたので万能薬では無さそうです。