これだよね?
OS X El Capitan をダウンロードする方法 - Apple サポート
で、こっちのリンクをクリックしたら、Mac App Storeが開きましたよね?
Connecting to the Mac App Store - OS X El Capitan
で、Mac App Store上で「対応していない」と表示が出るのなら、Appleのサポートに連絡を。
「Lion以前のユーザーの為の救済策として、El Capitanがでダウンロード出来る」とサポートページに記載してある以上、Apple IDに紐づけてもらって、ダウンロード出来るようにして貰えば良いのでは?
このあたりのAppleの対応が変わったので、不具合が出るApple IDの人もいると思う。