iCloud iBooks

それであれば、iCloudとは無関係ですね。　Macをお使いであれば、iBooks.appを立ち上げて、iBooksストア＞購入ずみ、と進んで、ブックを選択して削除します。　→ 購入したブックを非表示にする

削除といっても、ライブラリに表示されない様にするという事で、購入履歴自体を削除することはできないです。

お使いのデヴァイスは何でしょうか？　iBooks Storeで購入した本をデヴァイスから削除する方法は、参照されているサポートに記載されています。

ブックおよびオーディオブックを削除する

ブックまたはオーディオブックを削除する場合は、iOS デバイスで iBooks を開いて「選択」をタップします。スクロールして、削除したいアイテムを探してタップします。「削除」を選択し、以下のいずれかのオプションをタップします。

そのデバイスからのみ削除する場合は、「ダウンロードを削除」をタップします。

「すべての場所で削除」をタップすると、iCloud からアイテムが削除され、ほかのすべてのデバイスからも自動的に削除されます。

そうではなくて、『iCloudから削除』したいというのは、個人でiCloud Driveに保存してiBooksライブラリに登録しているPDFファイルの事でしょうか？　あるいは、Storeの購入履歴から削除したいという事でしょうか？