システム環境設定の変更を毎回反映しない

外部出力に設定って、外部スピーカを繋いでるのですか？どんな接続ですか？

ひょっとして、起動時に（ドライバーがインストールされる前でとかの理由で）その外部スピーカが認識されてないのでは？

もしそうなら、起動してから、サウンド出力を外部スピーカにするアップルスクリプトでも作ってやって、ログイン項目に入れておくとか。ログイン項目は起動後に実行されますので、これならうまく切り替えてくれると思います。

実際にどんなスクリプトにするんや、というのはどなたか他の人のコメントでもお待ちください。とりあえず簡単そうなのは、スクリプトエディタで実際に外部スピーカに切り替える操作をしてやって出来たスクリプをそのまま使うとか。

設定ファイルの破損かと想像しますが、無音という設定はないと思うので何に戻るのでしょうか。

その症状だと内蔵スピーカーが壊れているということでしょうか。クリーンインストール環境でも内蔵から音が出ないのでしょうか。