５ｓから８にデータを移行しました。appleIDが二つのIphoneで存在しているため不都合はありますか？

おっしゃってる意味がよくわかりませんが、基本はApple IDはApple社がユーザ識別に利用するものです。なので、機器が違っても、同じユーザが使うなら、基本、同じApple IDを使う方が何かと便利です。違うApple IDだと、Apple社としては異なるユーザとして識別します。なので、あるApple IDで購入したものはそのApple IDでしか使えません。他のApple IDに紐付けを変更することはできません。

単にやたらと面倒臭くなるだけかな。

よくわからないのですが、2つのiPhoneに別々のApple IDを使っているということでしょうか？　それとも、同じApple IDを2つのiPhoneに使っているということでしょうか？

既に書かれているように一つのApple IDで複数のiOS機器を持つ事は問題有りません。

iCloudはiCloudバックアップ以外はバックアップじゃないと理解していれば大丈夫。

同じID を6 台くらいで使用しておりますが、それによる不都合は感じておりません。

しいて気をつけることといえば、画面に使用のメッセージが表示されたりするので、それらをオフにせずに家族に見られる場所に置かないようにとか。複数台使用していると毎回持ち歩かないので油断するとまずいです。