アクセス権リセット後も起動直後に毎回FontBookが勝手に立ちあがる

システム環境設定の＜ユーザとグループ＞のユーザの＜ログイン項目＞に Font Book.app が入ってませんか？入っていれば、それを選択して＜ー＞ボタンで削除すれば良いだけかと思います。

実施していない場合はお試しください。

セーフモードを使って Mac の問題を切り分ける - Apple サポート

Mac で別のユーザアカウントを使って問題を検証する方法 - Apple サポート

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Mac のソフトウェアをアップデートする方法 - Apple サポート

前回終了時にFontBookが立ち上がってれば、（デフォールトだと）次回立ち上げた時も立ち上がりますよ。FontBookを終了してから終了しても、次回立ち上がるということですか？

「閉じる」のではなく、明示的に「終了」してみるとか。

「閉じる」で終了しちゃうアプリもあるけど。