Mac miniは、標準のCore i3 or Core i5モデルでしょうか?
それとも、カスタマイズ注文で変更できるCore i7モデル?
10ギガビットEthernet等に変更していたりしますか?
Mac mini 2018の内部構造を考えれば、可動部分は冷却ファンしかありませんから、ファンが特定の回転数になった場合に、音がしてしまうのでは?
Macs Fan Control等のファンの回転数を変更できるツールを利用して、まずは、作業中のファンの回転数が、どの位になっているのか、確認してみてください。
その上で、作業中のファンの回転数よりも少し多くの回転数に固定して、同じ作業をしてみて、音がするかどうかを確認すれば、ファンが原因かどうかはわかると思います。
(テスト後に、そのまま運用するとファンの寿命を縮める可能性があるので、必ずテスト後は、元の状態に戻すこと)
もし、ファンが原因の場合は、テストした結果をAppleのコールセンターに相談してみるか、フィードバックページからAppleに報告を上げれば、FirmwareやBrigdeOSのアップデート等で改善されるかもしれませんし、単純にパーツの不具合として交換してもらえるかもしれません。
https://www.apple.com/jp/feedback/
ファンの動作テストをしても状況が変わらず、ファン以外の原因が疑われる場合は、構造を見る限り、あまりMac miniでは起きないとは思いますが、一部のパーツが熱をもって膨張と収縮を繰り返すことで、「家鳴り」と同じような現象が起きているかもしれません。
ファンの回転数制御のツールには、各部の温度を計測する機能もありますので、極端に加熱している部位がないかどうか、観察してみてください。
例えば、CPU Diodeの温度が高いのに、Heatsinkの温度が低い場合は、熱伝導グリスの塗り方の問題だったりします。
逆に、Core i7モデルや10ギガビットEthernet搭載モデルの場合は、それらのパーツは、それなりの高い温度になるはずです。
もし、明らかに、異常な温度分布が見られる場合は、やはりAppleのコールセンターに相談の上、修理を検討してみては?