たぶん10.14.6からだと思うのですが、Thunderbolt接続の外付けSSDからの起動に不具合が出ています。
システム設定の起動ディスクには表示され、選択もできるのですが、そこから起動できません。Option起動でStartup Managerを起動してもそこに表示されないのですが、一度Thunderboltを抜き挿しすると現れるので、そこで選択する必要があります(なのでシステム設定で選んでも起動しない)。USB接続だと問題無く起動しますし、Mac Proと2台のMacBook Airで同じ症状なので、マシン依存でもないのではないかと思います。
https://support.apple.com/ja-jp/HT202796
に書かれていることはやってみましたが、ダメでした。
皆さんのところではどうでしょうか？また、解決策等あるでしょうか？
最近のアップデートはファームウェアのバージョンも微妙に上がってますよ。cccでクローンを作ったのではその辺は無視されるのでは？
ファームウェアは起動にはとても重要です。
10.14.6からthunderbolt接続のssdから起動できないって聞いたことありませんが。自分のところでも全く問題ありません。その外付けssd、同じようなタイミングでフォーマットしちゃってるとかありませんか？あるいは何か3rdパーティのユーティリティを利用してクローンを作ったとか（その時に起動できなくなった？）。その起動できないthunderbolt接続のssdにはApple Bootのパーティションはありますか？
capy77 さんによる書き込み：
ただ、メインマシンのMac Proの方はコールドブートでも表示されませんでした。MacBook Airに接続してるSSDとMac Proに接続しているSSDは別のものなので、これとの相性かも知れません。中身のSSDも異なりますし・・・。
Mac Pro とMacBook 系は再起動時に端子への電力供給の仕方が違うようです。そこら辺で引っかかっているのでは無いかと思いますが。
もっとも確認しようと思えば、自信で確認できる話なのではないかと思います。どこまで調べるかですね。
もしかして再起動ではなくコールドブートだと起動しますか。もしするなら外付け依存な気がします。
私のところでは二台のMac がmacOS Mojave 10.14.6 で起動しております。
両方ともAkitio ThunderDuo とか言う外付けにSSD を入れています。
そうですか。そうするとマシン依存ではなく外付けの機器依存なんですかね。2つあるんですが、両方ともトランセンドのポータブルなので同じように振る舞うのかもしれません。
MacBook Airは2台ともコールドブートならStartup Managerに表示され、一度表示されるとその機器を覚えるのか、再起動でもOKでした。ただ、メインマシンのMac Proの方はコールドブートでも表示されませんでした。MacBook Airに接続してるSSDとMac Proに接続しているSSDは別のものなので、これとの相性かも知れません。中身のSSDも異なりますし・・・。
起動できない訳ではないんですが・・・。
クローンはCCCで作成していますが、10.14.5までは普通に起動できていたので、CCCのせいとは思えません。また、MacBook Airで使えるようになったSSDもクローン作成はCCCなので、このことからもCCCのせいではないと思います。Apple Bootのパーティションもちゃんとあります。
書き忘れましたが、定番の対策(PRAMのクリア/セーフブート/SMCリセット等)は行いましたが、変化無しです。
MacBook Airではちゃんと起動しているので、そういう事はないのではないでしょうか？
Mac Pro用の外付けSSDは、そこから起動したMac Proでアップデートしています。
cccでクローンを作ったのでは、本来アップデートした時にアップデートされるファームウェアがアップデートされません。ファームウェアはロジックボード上のepromか何かにありますので、そのマシンでアップデートしない限りアップデートされません。それが起動に影響するのでは、ということです。別のマシンで起動するからといって、起動するはずということにはなりません。
Thunderbolt接続の外付けSSDがStartup Managerに表示されない
