ストレージ容量表示がおかしい

>>iTuneを使わずに、CopyTransManagerというソフトで、音楽や動画をiPhoneに送りこんでるんですが、

>>このソフトのせいですかね？

今の時点で、断定は、できないと思いますが、問題の切り分けをするためには、

・iPhone内部ストレージの動画、音楽を削除。

・再起動する（初期化する方が、できれば望ましい）

・iCloudを利用して、iPhpneに画像をアップロード。

・itunesを利用して、音楽をiPhoneに同期。

以上を行って、現在の事象が、再現するかどうかで、問題のあぶり出しができるかなと思います。

再起動したら治りませんか？