アップルIDが複数ある場合どんな問題がありますか？

別々のAppleIDでAppをダウンロードした場合は、Appのアップデートで 別々にIDとパスワードの入力を求められます。

iCloudに別々にデータを保存していると どこのアカウントのデータが最新でバックアップはどこから復元するのか、混乱することもありそうです。

iCloudからサインアウトするたびに写真を削除するなら アップロードやダウンロードのし直しも出てきたり、連絡先の重複もでるかも。

そんなこんなでサポート記事では 同じAppleIDを使うよう推奨していますが、すでに別にAppleIDを持っていても問題なさそうです。

ご参考:

Apple ID でサインインする

iCloud と iTunes で別々の Apple ID を使う

iTunes Store や App Store、iCloud など、すべての Apple サービスにデバイス上で同じ Apple ID をお使いいただくことをお勧めします。複数の Apple ID を使うと混乱の原因となり、購入したコンテンツへのアクセスや一部のサービスの利用に問題が生じることがあります。

ただし、iCloud 用と iTunes Store／App Store 用にすでに別々の Apple ID を用意している場合は、以下の手順で設定してください。

(以下はリンク先サポートページでご確認ください)

ちゃんと使い分けていれば、問題はないと思います。