AppleID と ApplePay は何が違うのでしょうか？

Apple IDの残高というのはお店(iTunes/App Store)限定のプリペイド残高なので、例えるなら特定の店が発行しているガソリンスタンドのプリペイドカードとかゲーム内のコインのようなもので、その店舗、そのゲーム内でしか使えず、汎用性はありません。

Apple PayはAppleが構築した決済システムで、クレジットカードの弱点(お店にカード番号を伝える必要があるため、お店(や店員)がカード番号を悪用したり、お店のデータベースからカード番号が盗まれたりする事件が多発している)をカバーして、お店やネットで安全に電子決済できるようにしたものです。Apple PayをiTunes/App Storeでの支払いに使えるようにする、という発想はありですが(実際、米国では既にそうなっている)、逆はシステム的に無理です(ゲームコインでカードの支払いができないのと同じ。

>AppleIDの残高がかなりあるのですが、

itunes Storeへの支払い専用です。

使用できません。