バックアップの復元について

Storeにないアプリは復元されません。

iCloud バックアップの対象となるもの - Apple サポート　より抜粋

2. iCloud バックアップでは、購入済みのコンテンツに関する情報は対象となりますが、コンテンツ本体は対象となりません。iCloud バックアップから復元すると、iTunes Store、App Store、ブックストアから購入済みのコンテンツが自動的に再ダウンロードされます。一部の種類のコンテンツは、国または地域によっては自動的にダウンロードされません。以前に購入したコンテンツに対して払い戻しを受けている場合や、ストアで販売が終了している場合は、ダウンロードできません。購入および再ダウンロード可能なコンテンツ (国／地域別) については、こちらの記事を参照してください。

現在ストアにあり、かつその端末で最新のiOSで動作するアプリのみがAppleのサーバからインストールされるはず。