Apple Pencil 充電出来なくなっていました

最近のバッテリー（リチウムイオンバッテリー？）は過放電に弱いそうですから、使わずに放置するとバッテリーがダメになってしまうこともあります。

「挿して充電」ということから第1世代だと思いますが、3%表示の乾電池アイコンに稲妻マークがつかない状況でしょうか。コンセントからの充電（Lightningケーブル経由で）はお試しになりましたか？

それはお気の毒だし、お気持ちはわかりますが、このようなデバイスを「大事にしまっておく」ことに意味はないと思います。使わなければ。