MacMini（Late 2014, OS 10.14.6)の動作が遅い

つまり、APD000だから、現状ではApple Diagnosticsで検査した限り、ハードウェアに問題はないということです。

よって、TimeMachineで元の状態に戻したら改善したということは、ソフトウェア的な問題の可能性が高いということです。

macOS 10.14に対応していないアプリやツールがインストールされていませんか？

ウイルス対策ソフト等をインストールしているなら、一旦、機能をOFFにしても、変化ありませんか？

根本的な原因を探るなら、外付HDD等にOSを新規にインストールした状態で、動作がどうなるのか、検証してみるしかないです。

その結果、改善が見られるようなら、内蔵HDDを初期化して、新規インストールし、順番にアプリ等をインストールし直すと…。

> HDDは容量500GBで440GB空

mojaveだとapfsになってると思いますが、apfsでは、ssdで性能が発揮されるファイルシステムですから、どうしてもhddだと遅くなります。

外付けでも良いので、システムディスクはssdにする方が速くなります。

まだ空きは十分にある状態ですが、このまま使ってゆくとどんどん遅くなると思います。

Dボタンで起動してテストしました。ハードに問題ないが修理が必要かも知れない、というようなメッセージが出ました。

曖昧な表現ではなく、そのままの文面とエラーコードを書いてください。

https://support.apple.com/ja-jp/HT203747

現状を、判っている範囲で、まとめると、

HDDの空き容量は問題なし。

追加アップデートをインストールしても変化なし。

アクティビティモニタで見る限り、怪しいプロセスは見当たらない。

ということですね？

あと、試すとすれば、

一旦、メンテナンス代わりにセーフモードで起動してから、通常起動に戻してみる。

https://support.apple.com/ja-jp/guide/mac-help/mh21245/10.15/mac/10.15

PRAM(NVRAM)リセットとSMCリセットを行ない、ハードウェア設定を初期化してみる。

https://support.apple.com/ja-jp/HT204063

https://support.apple.com/ja-jp/HT201295

この辺りを試してみてください。

とにかく、Apple Diagnosticsの詳細を、再度書き込んでください。

どちらなのかは、ご自分で、もう少し検証してもらわないと、答えようがないです。

macOS 10.14.6 追加アップデートを実行しても、重いままですか？

(Security Update 2020-005には、CPU負荷が異常に高くなるバグがあったので、それを修正するためのアップデート)

もしくは、現在公開されているSecurity Update 2020-005は、一旦公開停止になった後、上記の追加アップデートを含むバグフィックス版に変更されているので、再度実行してみる

https://support.apple.com/ja-jp/HT201222

アクティビティモニタで、CPU負荷が高かったり、メモリを異常に喰らっているアプリは見当たりませんか？

https://support.apple.com/ja-jp/guide/activity-monitor/welcome/mac

内蔵HDDの空き容量は充分にありますか？

Apple Diagnosticsで検査しても、ハードウェアに異常はありませんか？

https://support.apple.com/ja-jp/HT202731

どのような作業をしていると重くなるのですか？

それとも単に起動しただけで重いのですか？