不可視ファイルを可視ファイルにしたい

不可視になってしまうのがデスクトップだけなら、CreateDesktop キーの値を確認してみると良いかもしれません。

確認

defaults read com.apple.finder CreateDesktop

デフォルトに戻す

defaults delete com.apple.finder CreateDesktop && killall Finder

尚、上記は Mojave 10.14.6 での確認です。Catalina 以降でも同様かは分かりません。

ファイル名の先頭に"."が付いているファイルは不可視ファイルになりますが、その他、ファイルフラグによるものがあります。

フラグが設定されているかどうかは、lsコマンドのOオプションで見ることができます。ファイルフラグを設定するにはchflagsコマンドを用います。

Rondo_1氏に提示して頂いたリンクを見ると、Finder Preferencesに何か設定されているようですが、そのkey名が分かる方いらっしゃいますか？

問題を切り分けてください。

Mac でセーフモードを使う方法 - Apple サポート

Macのユーザ、ゲスト、およびグループを設定する - Apple サポート

Downloaded Files invisible (MacOS Catalin… - Apple Community

不可視ファイルになる原因を解明した方が良いのでは。

新規に作成したファイルのファイル名とか、ファイルの保存場所に何か無いですか。