正規店と代理店の違い

正規店でも代理店でも費用はかかるときはかかります。むしろ、無料で交換できるハードルが高いくらい。

こちらご参照ください。

https://support.apple.com/ja-jp/iphone/repair/service/battery-power

https://www.apple.com/jp/support/products/iphone/

手数料は同じはず。

考えるべきは修理用部品の在庫の有無と、バッテリ交換では済まなくなった場合の対応力。

>正規店と代理店

の区分はおかしいです。直営店と正規代理店か、正規店と非正規店、で区別すべき。

アップルが修理を認めているのは、直営店か正規代理店(これらの店舗での修理歴があっても正規のサポートは継続されますが、非正規店で作業した端末は正規サポート対象から外れます)。