iTunesにある曲をDドライブへ

＞スマホの中には曲を残し、パソコンだけから曲を消すことは可能ですか？

消してはいけません。パソコンから消すとスマホからも消えてしまいます。（同期をすれば）

＞またはCドライバからDドライブにデータを移せますか？

はい、移せます。

お書きのようなiTunesの設定はいじらないでください。

まず、Cドライブのミュージックフォルダ内にある”iTunes”フォルダをそっくりそのままDドライブにコピーします。

その後、iTunesを起動するときにshiftキーを押しながら起動します。

そして、DドライブのiTunesフォルダの場所を指定します。（厳密にはiTunes Library.itlというファイルを指定する）

これでiTunesライブラリがDドライブに切り替わります。

一通り再生できるか確認したのち、CドライブのミュージックにあるiTunesフォルダは削除してかまいません。

＞パソコンとメインのスマホ以外にもサブのスマホ（計三つのデバイス）でミュージックが同期されていら状態で、パソコンだけから音楽を消すことは可能ですか？

最初の質問と同じ。消してはいけません。

＞パソコン内にCDから読み込んだ曲もありますが、消えてしまっても構いません。

パソコンから消すとスマホからも消えますよ。（同期した時に）

それでもいいんですか？

Apple Musicのサブスクに登録しているんですか？

だったらそれが原因かも。

申し訳ありませんが、私はApple Musicを使用していないので検証することができません。

他の方のコメントをお待ちください。