一つの Apple ID に紐付けた2つの電話番号を切り離し

電話番号を紐づけるって、具体的には何をされたのでしょう？

iphoneがデュアルsimで、メッセージやfacetimeで2つの電話番号が使えるということですか？

それとも、Apple IDの2ファクタ認証の信頼できる電話番号に2つ登録されてるという意味ですか？

もし後者なら、既に登録されてるApple IDのことはあまり気にすることなく、別のApple IDの信頼できる電話番号に同じ電話番号を登録しても構わないと思いますが。通常は、2ファクタ認証のコードはApple ID宛のメッセージや通知で送ってきます。電話番号宛に送ってくるのは、メッセージや通知を受信できないときにこちらから指定した時だけです（この時に登録してる電話番号のどの番号かも指定できます）。別のApple IDに同じ電話番号を登録してても困ることはありません。