お金が無いのに課金が出来たのはなんでですか？

失礼致します。

下記リンクの「請求対象となるお支払い方法」の項目に、以下（抜粋）の様に記載されています。

● アイテムを購入した場合やサブスクリプションの料金を支払う場合、以下の順序でお支払い方法に代金が請求されます。

1. Apple ID の残高から、請求額の全額が差し引かれます。
2. Apple ID の残高が無い場合や、請求総額を賄うには残高が不足している場合は、主要なお支払い方法（iPhone の「設定」でリストの一番上に表示されているお支払い方法）への請求が試みられます。
3. 主要なお支払い方法に問題が有る場合や、主要なお支払い方法に請求残額を全額請求出来ない場合は、リストの上から下の順番で、他のお支払い方法への請求が試みられます。 どの方法でも請求出来ない場合は、最初から請求がやり直されます。

Apple の App、コンテンツ、サブスクリプションの料金の請求の仕組み - Apple サポート (日本)

クレジットカードを登録してあるなら、残額はそちらに請求が行きます。

あるいはキャリア決済を設定してあるなら、そちらへ。

追記：足りない分を振り込め、なんてのはありません。